Cassaday fue uno de los dibujantes de cómic más originales e interesantes de comienzos de los 2000, cuando la industria del comic-book estadounidense buscaba nuevos estilos que renovaran un panorama dominado por la estética hiperbólica, espectacular y poco académica de artistas como Jim Lee o Rob Liefeld. Cassaday era, por el contrario, un dibujante de inspiración clásica, detallista, espectacular en sus composiciones y en su manera de representar la acción, muy cinematográfica, pero también atento a las reglas canónicas del dibujo.
John Cassaday comenzó a publicar en pequeñas editoriales independientes a mediados de los años 90. Su primer encargo de importancia fue un número de la serie Ghost en 1996, publicada por Dark Horse, y protagonizada por una superheroína que alcanzó cierta popularidad en aquella década. Poco después, trabajó en su primera serie limitada, con el guionista Jeff Mariotte, Desperadoes (1998-1999), un wéstern sobrenatural, género muy de moda en la época.
Muy pronto, las grandes editoriales se fijaron en el talento de Cassaday, que comenzó a recibir encargos para algunos especiales. Pero su primer trabajo de envergadura, y uno de los más importantes que llegó a realizar durante su carrera, fue Planetary (1998-2009), junto al guionista Warren Ellis, publicada por el sello Wildstorm de DC Comics. La serie narra la historia de una organización secreta, para la que trabaja un grupo de arqueólogos de lo paranormal con habilidades especiales, que resuelven casos relacionados con otras dimensiones y con diversas anomalías.
A partir de esa premisa, Planetary se desarrolla como una exploración de la cultura popular del siglo XX, desde el pulp hasta los superhéroes, pasando por el terror y la ciencia ficción, ya que está llena de homenajes y versiones de personajes que la convierten en un elaborado cóctel metarreferencial. Al mismo tiempo, supo tener su propia personalidad y brillar en un panorama, el del comic-book comercial, dominado por la copia y la repetición de fórmulas de éxito. Cassaday aplica su estilo detallista y meticuloso en sus personales recreaciones de héroes pulp como Tarzán o Doc Savage, los kaiyu japoneses a lo Godzilla, los superhéroes oscuros de los años 80 o las criaturas de H. P. Lovecraft, entre muchos otros.
En 2002 se encargó de una serie limitada protagonizada por el Capitán América, en su primer encargo importante para Marvel. Entre 2004 y 2008 desarrolló otro de sus trabajos más recordados: Astonishing X-Men, con el guionista y creador de Buffy Cazavampiros Joss Whedon. La pareja creativa asumió el difícil reto de insuflarle nueva vida a la franquicia tras el exitoso y revolucionario paso por la misma del guionista Grant Morrison, y ofrecieron una colección de aventuras frescas y divertidas protagonizadas por Cíclope, Lobezno, Kitty Pryde y el resto de populares mutantes. En esos años, su sofisticado estilo también llamó la atención del mercado francés, y publicó, junto a Fabien Nury, la trilogía Je suis légion (2004-2007) en la editorial Les Humanoïdes Associés.
Tras el fin de Planetary y Astonishing X-Men, prácticamente simultáneo, Cassaday se dedicó a proyectos especiales y portadas, principalmente. Sin embargo, en 2015 llegaría otra obra importante, junto al escritor Jason Aaron: los seis primeros números de una serie de Star Wars producida por Marvel, coincidiendo con la compra de los derechos de la franquicia por parte de Disney, propietaria a su vez de la editorial de Spiderman y los X-Men. Aaron y Cassaday volvieron a las películas clásicas y contaron acontecimientos ocurridos entre Una nueva esperanza (1977) y El imperio contraataca (1980). Contando con el debido tiempo para desarrollar de la mejor manera su particular estilo, Cassaday hizo un excelente trabajo recreando el sabor de la saga original y logrando un gran parecido con su reparto, sin caer en el exceso de fotorrealismo.
En 2018 se convirtió en director creativo de la editorial Humanoids. También tuvo cierta relación con la industria audiovisual, ya que trabajó como artista conceptual en films como Watchmen (2009), dirigido por Zack Snyder. Inclusó llegó a ejercer como director en un capítulo de la serie Dollhouse, creada por su colaborador en Astonishing X-Men, Joss Whedon. Además, apareció en diversos documentales sobre la industria del cómic estadounidense.
Cassaday fue reconocido por el sector del cómic como uno de los mejores dibujantes de su generación, dotado de un estilo no exento de influencias, pero también profundamente original. Su personal mezcla de clasicismo norteamericano con referentes europeos sobresalió por encima de propuestas más convencionales, si bien el elevado número de horas de trabajo que exigía su estilo barroco sin duda dificultó su adaptación a una industria que se basa en la entrega mensual de 24 páginas, lo que implica una alta urgencia en los plazos de entrega.
Durante los años en los que trabajó en Planetary y Astonishing X-Men, el nombre de John Cassaday fue habitual en las nominaciones de los premios más importantes de la industria, y fue ganador en 2005 y 2006 del Premio Eisner al mejor dibujante. Su inesperada pérdida supone el adiós de uno de los grandes clásicos modernos del cómic.